보유 10년보다 거주 5년이 커진다 — 장기보유특별공제 개편이 진짜 바꾸는 것
집을 오래 가지고 있었다는 사실만으로 세금을 깎아주던 계산식이 흔들리고 있습니다. 재정경제부가 2026년 8월 3일 발표하고 9월 1일 국무회의에서 정부안으로 확정한 2026년 세제개편안의 장기보유특별공제 개편은, 1세대 1주택자의 공제를 ‘가지고 있던 기간’이 아니라 ‘실제로 살았던 기간’으로 다시 세우겠다는 내용입니다. 언론이 크게 다룬 숫자는 공제액 한도 20억원과 10억원이었지만, 실제로 많은 사람의 세액을 움직이는 건 한도가 아니라 축의 이동입니다. 아직 국회를 통과하지 않은 정부안이라는 점도 함께 짚겠습니다.
목차
- 공제의 기준이 ‘가진 시간’에서 ‘산 시간’으로 옮겨갔다
- 현행 제도부터 정확히: 보유 40% + 거주 40%, 합계 80%
- 장기보유특별공제 개편의 3단 계단 — 2027·2028·2029
- 양도차익 5억·10억·20억·30억, 직접 계산해봤다
- “2028년 전에 팔아라”가 대다수에게 틀린 이유
- 그래도 남는 세 가지 반론
- 유형별 실전 적용: 네 가지 상황
- 종부세·비사업용 토지까지 묶어 보면 보이는 방향
- 국회 심의 일정과 지금 점검할 것
공제의 기준이 ‘가진 시간’에서 ‘산 시간’으로 옮겨갔다
이번 개편의 핵심 문장은 한 줄로 줄어듭니다. 주택에 대한 공제를 ‘보유 중심’에서 ‘거주 중심’으로 옮기고, 이름까지 장기거주 소득공제로 바꾸겠다는 것입니다. 법무법인 세종의 2026년 8월 7일 자 자산과세 분야 뉴스레터는 주택과 비주택의 공제를 이원화해 주택에는 거주 중심의 장기거주 소득공제를 적용한다고 정리했습니다. 이름이 바뀐다는 건 단순한 표기 변경이 아니라, 공제의 근거가 ‘자산을 오래 들고 있었다’에서 ‘그 집에서 오래 살았다’로 넘어간다는 선언입니다.
왜 이런 전환이 나왔을까요. 현행 구조에서는 실거주를 한 번도 하지 않아도 보유만으로 최대 40%를 공제받을 수 있습니다. 거주 요건을 2년만 채우면 보유 공제 전액이 열리는 구조라, 장기 임대 후 잠깐 들어가 사는 방식이 세제상 유리해집니다. 정부는 이 지점을 ‘실거주 보호’와 ‘비거주 자산에 대한 혜택 합리화’라는 말로 겨냥했습니다. 이번 장기보유특별공제 개편이 세율을 한 칸도 건드리지 않으면서 사실상 세부담 지도를 다시 그리는 이유가 여기에 있습니다.
현행 제도부터 정확히: 보유 40% + 거주 40%, 합계 80%
비교를 하려면 현행 숫자가 정확해야 합니다. 국세청이 안내하는 장기보유특별공제는 표1과 표2로 나뉩니다. 표1은 일반 부동산에 적용되는 공제로 보유 3년 이상 6%에서 시작해 15년 이상 30%가 상한입니다. 표2가 1세대 1주택 특례인데, 여기서는 보유기간 공제와 거주기간 공제를 각각 계산해 더합니다. 보유는 연 4%씩 쌓여 10년에 40%, 거주도 연 4%씩 쌓여 10년에 40%, 합쳐서 최대 80%입니다.
주의할 요건이 두 가지 있습니다. 첫째, 표2를 적용받으려면 그 집에 2년 이상 거주해야 합니다. 거주 요건을 못 채우면 1주택자라도 표2가 아니라 표1(최대 30%)로 떨어집니다. 둘째, 거주기간 공제는 2년 이상 3년 미만 구간이 8%로 시작합니다. 그리고 1세대 1주택 비과세는 양도가액 12억원까지이고, 12억원을 넘는 부분에 대응하는 양도차익만 과세 대상이 됩니다. 이 ‘과세대상 양도차익’에 공제율을 곱하는 것이 지금의 계산법입니다.
| 구분 | 현행(2027년 양도분까지) | 2028년 양도분 | 2029년 이후 양도분 |
|---|---|---|---|
| 보유기간 공제 | 연 4%, 최대 40% | 연 2%, 최대 20% | 폐지 |
| 거주기간 공제 | 연 4%, 최대 40% | 연 6%, 최대 60% | 연 8%, 최대 80% |
| 합계 최대 공제율 | 80% | 80% | 80% |
| 공제액 한도 | 없음 | 20억원 | 10억원 |
장기보유특별공제 개편의 3단 계단 — 2027·2028·2029
정부안은 한 번에 바꾸지 않습니다. 2027년은 현행 제도를 그대로 두는 유예 구간입니다. 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 거주 연 6%(최대 60%)와 보유 연 2%(최대 20%)의 중간 단계가 적용되고, 2029년 1월 1일 이후 양도분부터는 보유기간 공제가 완전히 사라지고 거주 연 8%(최대 80%)만 남습니다. 합계 최대치는 세 구간 모두 80%로 같습니다. 바뀌는 건 총량이 아니라 그 80%를 무엇으로 채우느냐입니다.
여기에 지금까지 없던 장치가 하나 붙습니다. 공제액 한도입니다. 2028년 양도분은 20억원, 2029년 이후 양도분은 10억원으로 공제받을 수 있는 금액 자체에 뚜껑을 씌웁니다. 이 한도는 양도차익 한도가 아니라 공제금액 한도이며, 인별·양도물건별로 적용됩니다. 표현이 헷갈리기 쉬운 대목이라 다시 적어두면, “차익이 10억원을 넘으면 공제가 없다”가 아니라 “공제받는 금액이 10억원을 넘지 못한다”는 뜻입니다.
같은 개편안에는 반대 방향의 당근도 들어 있습니다. 양도가액 30억원 이하 주택에 10년 이상 거주한 경우 양도소득 기본공제를 연 250만원에서 2,500만원으로 열 배 올리는 내용입니다. 거주를 채운 사람에게는 별도의 공제를 얹어주는 구조라, 이번 장기보유특별공제 개편을 단순한 증세로만 읽으면 방향을 놓치게 됩니다. 재정경제부의 2026년 세제개편안 안내 페이지에서 한도 신설과 기본공제 상향이 한 묶음으로 제시돼 있습니다.
양도차익 5억·10억·20억·30억, 직접 계산해봤다
이제 숫자로 확인할 차례입니다. 아래 계산은 정부 공식 추계가 아니라 발표된 공제율을 그대로 대입한 자체 단순 계산입니다. 전제는 이렇습니다. 1세대 1주택이고, 과세대상 양도차익(양도가액 12억원 초과분에 대응하는 차익)이 각각 5억·10억·20억·30억원이며, 양도소득 기본공제와 지방소득세, 필요경비는 제외했습니다. 기본세율 6~45%와 지방소득세 10%는 과세표준이 정해진 뒤 별도로 붙습니다.
사례 ① 10년 보유 + 10년 거주
현행 80%, 2028년 80%(거주 60+보유 20), 2029년 80%(거주 80)로 공제율은 내내 같습니다. 달라지는 건 한도뿐입니다.
| 과세대상 양도차익 | 현행 공제액 / 과세표준 | 2028년 공제액 / 과세표준 | 2029년 공제액 / 과세표준 |
|---|---|---|---|
| 5억원 | 4.0억 / 1.0억 | 4.0억 / 1.0억 | 4.0억 / 1.0억 |
| 10억원 | 8.0억 / 2.0억 | 8.0억 / 2.0억 | 8.0억 / 2.0억 |
| 20억원 | 16.0억 / 4.0억 | 16.0억 / 4.0억 | 10.0억 / 10.0억 |
| 30억원 | 24.0억 / 6.0억 | 20.0억 / 10.0억 | 10.0억 / 20.0억 |
차익 5억원과 10억원 구간에서는 개편 전후 과세표준이 한 푼도 달라지지 않습니다. 변화가 시작되는 지점은 계산으로 특정됩니다. 공제율 80%에 한도 20억원이면 과세차익 25억원부터, 한도 10억원이면 과세차익 12.5억원부터 뚜껑이 닿습니다. 1세대 1주택 비과세가 12억원까지 열려 있다는 점을 감안하면, 이 구간에 들어가려면 양도가액이 상당히 높아야 합니다.
사례 ② 10년 보유 + 5년 거주
같은 10년을 들고 있었지만 실거주가 절반인 경우입니다. 현행 60%(보유 40+거주 20), 2028년 50%(거주 30+보유 20), 2029년 40%(거주 40)로 공제율 자체가 계단처럼 내려갑니다.
| 과세대상 양도차익 | 현행 공제액 / 과세표준 | 2028년 공제액 / 과세표준 | 2029년 공제액 / 과세표준 |
|---|---|---|---|
| 5억원 | 3.0억 / 2.0억 | 2.5억 / 2.5억 | 2.0억 / 3.0억 |
| 10억원 | 6.0억 / 4.0억 | 5.0억 / 5.0억 | 4.0억 / 6.0억 |
| 20억원 | 12.0억 / 8.0억 | 10.0억 / 10.0억 | 8.0억 / 12.0억 |
| 30억원 | 18.0억 / 12.0억 | 15.0억 / 15.0억 | 10.0억 / 20.0억 |
두 표를 나란히 놓으면 이야기가 선명해집니다. 거주를 10년 채운 사람은 차익 10억원까지 변화가 없는 반면, 거주가 5년인 사람은 차익 5억원짜리 소형 구간에서도 과세표준이 2.0억원에서 3.0억원으로 50% 늘어납니다. 한도가 아니라 공제율이 움직였기 때문입니다.
“2028년 전에 팔아라”가 대다수에게 틀린 이유
개편안이 나온 뒤 가장 많이 돌아다닌 조언은 “2028년 전에 정리하라”였습니다. 위 계산은 그 조언이 적용 대상을 한참 넓게 잡고 있다는 걸 보여줍니다. 첫째, 공제액 한도 20억원에서 10억원으로의 축소는 최대 공제율을 적용받는 경우 과세차익 12.5억원을 넘어야 비로소 작동합니다. 평범한 1주택자의 과세대상 차익은 그 아래에 있는 경우가 훨씬 많고, 그들에게 한도 조항은 사실상 존재하지 않는 조문입니다.
둘째, 진짜 변화는 한도가 아니라 ‘보유’가 ‘거주’로 바뀌는 것입니다. 실거주를 10년 채운 사람은 현행에서도 80%, 2029년에도 80%를 받습니다. 오히려 상대적 위치는 좋아집니다. 지금은 거주 없이 보유만으로 40%를 챙기던 사람과 공제 총액에서 크게 벌어지지 않았지만, 개편 후에는 그 경쟁자의 공제가 0에 수렴하기 때문입니다. 여기에 10년 이상 거주자에 대한 기본공제 2,500만원 상향까지 얹히면 실거주자의 순위는 올라갑니다.
셋째, 그래서 서두를 이유가 있는 쪽은 좁혀집니다. 장기 보유했지만 거주 기간이 짧은 사람입니다. 사례 ②처럼 보유 10년·거주 5년이면 공제율이 60%에서 50%로, 다시 40%로 내려갑니다. 차익 규모와 무관하게 전 구간에서 불리해지는 유일한 유형이고, 2027년까지 남은 시간이 실제로 의미 있는 유일한 집단이기도 합니다. 이번 장기보유특별공제 개편의 청구서는 여기에 집중됩니다.
그래도 남는 세 가지 반론
스스로 반박도 붙여두겠습니다. 첫째, 지금 나온 건 정부안이고 확정 법률이 아닙니다. 국회 심의 과정에서 공제율, 한도 금액, 시행 시기 중 어느 것이든 바뀔 수 있습니다. 세법 개정안은 상임위와 조세소위를 거치며 수치가 조정되는 일이 드물지 않습니다. “2029년 거주 8%”를 확정된 사실처럼 놓고 5년짜리 계획을 세우는 건 위험합니다.
둘째, 시행 시기의 계단 때문에 매도 시기 하나로 세액이 크게 달라질 수 있습니다. 적용 기준이 취득 시점이 아니라 양도 시점이라는 점이 결정적입니다. 2027년 12월 말 잔금과 2028년 1월 초 잔금은 같은 집, 같은 가격이어도 다른 공제율 표를 씁니다. 사례 ②의 차익 20억원 구간에서 과세표준이 8.0억원과 10.0억원으로 갈리는 식입니다. 계약일이 아니라 잔금일을 기준으로 한 해가 갈린다는 점은 실무에서 반드시 확인해야 합니다.
셋째, 세금만 보고 주거를 결정하면 더 큰 비용이 생깁니다. 공제율 몇 퍼센트를 지키려고 직장·학교와 맞지 않는 집에 2년을 더 눌러앉는 선택은, 통근 시간과 교육 여건, 이사 비용과 중개보수까지 계산에 넣으면 남는 장사가 아닌 경우가 많습니다. 세제는 주거 결정의 여러 변수 중 하나일 뿐입니다.
유형별 실전 적용: 네 가지 상황
① 장기 보유 + 장기 거주
가장 안전한 위치입니다. 거주 10년이면 현행에서도, 2029년 이후에도 80%를 받습니다. 점검할 것은 하나, 과세대상 양도차익이 12.5억원을 넘느냐입니다. 넘지 않으면 한도 조항은 무관하고 서두를 이유가 없습니다. 양도가액 30억원 이하라면 기본공제 2,500만원 상향까지 챙길 수 있으니 오히려 기다리는 쪽이 유리할 수 있습니다.
② 장기 보유 + 거주 요건 부족
이번 개편의 실질적 대상입니다. 두 갈래를 비교해야 합니다. 하나는 2027년 안에 양도해 현행 표를 쓰는 길, 다른 하나는 남은 기간 실거주를 더 쌓아 거주 공제율을 끌어올리는 길입니다. 2029년 기준으로 거주 1년이 8%포인트를 만들기 때문에, 2년만 더 살아도 16%포인트가 붙습니다. 차익 규모와 남은 거주 가능 연수를 놓고 계산해야 답이 나옵니다.
③ 일시적 2주택
별도의 시계가 하나 더 돌아갑니다. 조정대상지역 내 일시적 2주택의 1세대 1주택 특례 적용기간이 3년에서 2년으로 단축됩니다. 2026년 8월 4일 이후 신규 주택을 취득하고 2026년 10월 1일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용됩니다. 종전주택 처분이 늦어지면 특례 자체가 날아가고, 그러면 공제율 논의 이전에 비과세가 무너집니다. 취득일이 8월 4일 전인지 후인지부터 확인하는 게 순서입니다.
④ 다주택에서 1주택으로 정리 중
정부안은 2027~2028년 다주택자 양도세 중과를 한시적으로 완화했다가 2029년부터 정상화하는 경로를 담고 있습니다. 2027년은 2주택 기본세율 +5%포인트, 3주택 이상 +10%포인트, 2028년은 각각 +10%포인트와 +15%포인트, 2029년부터는 +20%포인트와 +30%포인트입니다. 어느 집을 남겨 실거주할지 먼저 정하고, 나머지를 완화 구간에서 처분하는 순서가 중요합니다. 남길 집의 거주 연수가 곧 미래의 공제율이기 때문입니다.
종부세·비사업용 토지까지 묶어 보면 보이는 방향
같은 개편안의 다른 항목도 같은 방향을 가리킵니다. 종합부동산세는 1세대 1주택 기본공제가 거주 주택 기준 12억원에서 14억원으로 올라가고, 공정시장가액비율은 2027년부터 60%에서 70%로 인상됩니다. 세액공제도 보유기간 기준에서 거주기간 기준으로 바뀌고 금액 한도가 신설됩니다. 보유세 쪽에서도 ‘거주 여부’가 갈림길이 되는 셈입니다.
비사업용 토지는 방향이 더 단호합니다. 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 양도소득세 중과세율이 10%포인트 상향돼 기본세율에 20%포인트가 붙고, 장기보유특별공제 적용도 배제됩니다. 주택에서는 ‘거주’를, 토지에서는 ‘사업용 사용’을 공제의 조건으로 세우는 구조입니다. 부동산 세제 전반의 무게중심이 소유 그 자체에서 실제 사용으로 넘어가고 있다는 신호로 읽는 편이 자연스럽습니다. 부동산 시장 흐름은 부동산 카테고리에서 따로 다루고 있습니다.
국회 심의 일정과 지금 점검할 것
일정은 이렇습니다. 정부안은 2026년 8월 4일부터 20일까지 입법예고를 거쳐 9월 1일 국무회의에서 의결됐고, 9월 3일 이전 정기국회 제출 일정으로 진행됐습니다. 이제 남은 건 기획재정위원회 심사와 본회의 처리입니다. 예산 부수 법안으로 지정되는 세법은 예산안 처리 일정에 맞춰 연말에 함께 정리되는 경우가 많습니다. 즉 실제 확정 문구는 12월이 지나야 손에 잡힙니다.
그래서 오늘 시점에서 할 수 있는 일은 ‘결정’이 아니라 ‘측정’입니다. 첫째, 내 집의 취득일과 실제 거주 개시일을 서류로 확인해 보유 연수와 거주 연수를 따로 적어 둡니다. 둘째, 예상 양도가액에서 12억원 초과분에 대응하는 과세대상 양도차익을 대략 계산해 12.5억원 선과 비교합니다. 셋째, 2027년·2028년·2029년 세 시나리오의 공제율을 각각 넣어 과세표준 차이를 확인합니다. 이 세 가지만 해두면 국회 심의 결과가 나왔을 때 곧바로 대응할 수 있습니다.
정리하면, 장기보유특별공제 개편은 세율 인상 없이 공제의 기준선을 옮기는 방식의 변화이고, 그 충격은 모든 1주택자에게 균등하게 오지 않습니다. 오래 살아온 사람에게는 사실상 변화가 없거나 오히려 유리하고, 오래 가지고만 있던 사람에게는 명확한 청구서가 됩니다. 한도 숫자에 놀라기 전에 자신의 거주 연수와 과세차익부터 확인하는 것이 순서입니다. 세법 원문과 공제율 표는 국세청 장기보유특별공제율 안내에서 확인할 수 있습니다.
이 글에서 제시한 공제액과 과세표준은 발표된 공제율을 그대로 대입한 자체 단순 계산이며, 정부의 공식 세수 추계나 개별 세액 계산 결과가 아닙니다. 또한 위 내용은 2026년 9월 현재 국회에 제출된 정부안 기준으로, 심의 과정에서 내용이 달라질 수 있습니다. 본 글은 투자 권유가 아니라 참고용 정보이며, 개별 사안의 세액과 적용 여부는 반드시 세무 전문가 상담을 거쳐 확인하시기 바랍니다.